посмотрите по другим веткам на этом сайте, и увидите, что везде в качестве источника дыр в первую очередь говорится о хостере (например в форуме по рипам). если у хостера дыра в мускуле, в котором хранится информация о доступе к сайту, то никакая защита самого сайта не поможет.
тем не менее, естественно, сам софт должен быть достаточно защищённым - в основном фильтрацией мусора в запросах и отслеживанием post и get: на это нужно обратить внимание при выборе магазина (в его описании).
после установки не повредит провести стандартные процедуры защиты админской папки от доступа и шаманство с конфигурационными файлами.
это стоит проделать при любом софте.
