на мыло заказы могут не приходить если пользуются бесплатными почтовыми службами, типа mail, yandex, rambler
и если у вас в админке указано более одно мыла на которое должны отсылаться заказы.
такое происходит потому что в заголовке письма присутствует инфа о том что письмо отправлено на несколько ящиков, что бесплатными почтовыми сервисами может восприниматься как спам-рассылка, из-за чего одно время я имел проблемы.
про pop-up окна уже было сказано - лучше отключить их
