Дык, файл .htaccess лежит в вашей директории с сайтом, и вы его можете править, в чем проблема?
И вообще, его можно создавать в любой директории с настройками для оной.
Причем работать будет так:
Файл с найтройками апача - Общие настройки для всего сервера.
.htaccess для сайта - настройки для конкретного сайта
.htaccess для папки - настройки для папки.
Если настройки будут взаимоисключать друг друга, то будут работать настройки для более частного случая. Т.е. если какое-то значение в настройках .htaccess будет не совпадать со значение в httpd.conf, то будет работать из .htaccess.
Если значения в файле для какой-то папки будут не совпадать со значениеями .htaccess для сайта в целом, то будут работать значения для папки.
Ну и так далее, насколько бы вы не углублялись.
Поправьте, если не прав, т.к. сам только учусь в этом вопросе.
В этом и есть разница между хостингом и виртуальным сервером? 
