Я не знаю, как у кого, но у меня ситуация такая.. Пробовал последнее время покупать около 200 ссылок на сапе. Они индексируются Яндексом, но, ощущение такое, что гораздо медленнее, чем, например, год назад, а вот учитываются почему-то далеко не все. Последний АП результата вообще не дал. В поиске видны хорошо ссылки с социалок, форумов и тематические. Может быть, нужно просто дольше держать ссылки на сапе, а не снимать сразу, как только проиндексировались. Или Яндекс как-то их вычисляет (покупные).
А по поводу программ... Я пользуюсь Yazzle и Allsubmitter. Последний вообще в плане проверок позиций очень удобен - сразу показывает поднялся или упал сайт по сравнению с предыдущей проверкой, в т.ч. и по ссылкам.
